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PCR 實驗（experiment)室依據所使用的方法可分為試劑準備、標本制備、擴增、產物分析(Analyse)等三或四個區(qū)域。只是使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗室，有上述前面三個區(qū)域即可。各區(qū)域應完全獨立分隔，不應有任何的空氣直通。
2標準的PCR實驗（experiment)室產物分析(Analyse)區(qū)或三個區(qū)域的最后一個區(qū)域（即擴增及產物分析(Analyse)區(qū)），空氣流向應由室外向室內，可通過在室內設置通風櫥、排風扇或其他排風系統(tǒng)達到空氣流由室外向室內流動的要求。
PCR實驗（experiment)室根據使用儀器（appliance）的功能合理設置各個工作區(qū)域，如采用聚合酶(Enzyme)聯反應：則設置試劑儲存和準備區(qū)、標本制備區(qū)、擴增區(qū)、擴增產物分析(Analyse)區(qū)四個單獨的工作區(qū)域，這是最常用的分區(qū)方式。潔凈實驗室無菌試驗室、生物安全實驗室必須保證人身安全、環(huán)境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運行，同時還為需要實驗室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環(huán)境。樣品需要粉碎處理的，還需增設樣品粉碎區(qū)；若使用實時熒光PCR法：基因擴增區(qū)、基因產物分析區(qū)可以合并在一個房間內；采用標本處理、核酸提取及擴增檢測為一體的全自動化PCR分析儀，則標本制備區(qū)、擴增區(qū)、擴增產物分析區(qū)可合并為一個區(qū)域，因此PCR實驗室原則上設置五個區(qū)或四個區(qū)或三個區(qū)或二個單獨的工作區(qū)。
核酸擴增前區(qū)和核酸擴增后區(qū)可設在一個房間內，但必須在滿足下列要求的前提下：
a.核酸擴增前區(qū)實驗（experiment)室內設置兩個不同位置（position )的實驗區(qū)，試劑配置(deploy)在超凈工作臺中操作，樣品處理在生物安全柜內操作。
b.在核酸擴增后區(qū)使用全封閉的擴增和檢測系統(tǒng)，如實時熒光PCR儀等。潔凈實驗室無菌試驗室、生物安全實驗室必須保證人身安全、環(huán)境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運行，同時還為需要實驗室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環(huán)境。
c.每個實驗（experiment)人員使用各自的試劑、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
d.在實驗（experiment)前后對操作區(qū)域和共享器具進行清潔及消毒。凈化實驗室必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統(tǒng)是重點，對于保證實驗室相對負壓環(huán)境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。
e.各區(qū)域的試劑、器具、儀器（appliance）和設備為該區(qū)專用，不得交叉使用。
