PCR實驗（experiment)室依據所使用的方法可分為試劑準備、標本制備、擴增、產物分析(Analyse)等三或四個區(qū)域。潔凈實驗室主要用于微生物學、生物醫(yī)學、生物化學、動物實驗、基因重組以及生物制品等研究使用的實驗室統(tǒng)稱潔凈實驗室-生物安全實驗室。無菌試驗室、生物安全實驗室由主實功能驗室與其他實驗室及輔助功能用房組成。只是使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗室，有上述前面三個區(qū)域即可。各區(qū)域應完全獨立分隔，不應有任何的空氣直通。
PCR實驗（experiment)室對污染的預防與控制（control)：
PCR實驗（experiment)室設計的核心(core)問題是如何避免污染。凈化實驗室必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統(tǒng)是重點，對于保證實驗室相對負壓環(huán)境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。凈化實驗室控制系統(tǒng)是整個潔凈實驗室安全運行的神經中樞,由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的實驗對象是危險性的微生物，出于嚴格控制污染的原則，它要求以最少的維護人員，運用最優(yōu)化的管理維護手段，來實時監(jiān)控每一個實驗室中設備所處的物理環(huán)境，保證實驗室運行過程中始終處于相對負壓環(huán)境，防止危險性微生物外泄。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發(fā)生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發(fā)生污染后再圍繞(circumfuse)實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣(fán suǒ)，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除（Remove)。
PCR實驗（experiment)室功能區(qū)分為：
一、普通實驗（experiment)區(qū)——法醫(yī)物證常規(guī)檢驗室、法醫(yī)物證存儲室、受案室、檢材室、骨骼(skeleton)提取實驗（experiment)室、數據（data)比對分析(Analyse)室、緊急淋浴洗眼間、潔具間、洗衣間、測序儀專用UPHOTOSHOP機房；
二、特殊實驗（experiment)區(qū) / 污染控制（control)區(qū)——更鞋 / 緩沖走廊、更衣 / 緩沖間、現場物證DNA提取間（30-50㎡）、嫌犯血樣DNA提取間(15-30㎡）、試劑混配間(15-30㎡）、PCR擴增間(15-30㎡）、擴增產物測序間(15-30㎡）；
