PCR實(shí)驗(yàn)（experiment)室設(shè)計(jì)的核心(core)問題是如何避免污染。在實(shí)際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴(kuò)增產(chǎn)物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標(biāo)本間的污染。由于一旦發(fā)生污染，實(shí)驗(yàn)（experiment)就必須停止，直到找到污染源為止，而且實(shí)驗(yàn)（experiment)結(jié)果必須作廢，需重新進(jìn)行實(shí)驗(yàn)（experiment)。所以發(fā)生污染后再圍繞(circumfuse)實(shí)驗(yàn)（experiment)室來尋找污染源不但耗時(shí)而且繁瑣(fán suǒ)，浪費(fèi)人力物力。因此要避免污染，首先應(yīng)是預(yù)防，而不是排除（Remove)。
實(shí)驗(yàn)（experiment)室空調(diào)通風(fēng)系統(tǒng)設(shè)計(jì)及壓力控制（control)
PCR實(shí)驗(yàn)（experiment)室并沒有嚴(yán)格的凈化要求，但是為避免各個(gè)實(shí)驗(yàn)區(qū)域間交叉污染的可能（maybe)性，宜采用全送全排的氣流組織形式。實(shí)驗(yàn)室凈化由于潔凈實(shí)驗(yàn)室-生物安全實(shí)驗(yàn)室內(nèi)操作對(duì)象是危險(xiǎn)性的微生物，對(duì)人體、動(dòng)植物或環(huán)境具有危害，必須通過采用合理的空氣調(diào)節(jié)系統(tǒng)，保持潔凈實(shí)驗(yàn)室-生物安全實(shí)驗(yàn)室的相對(duì)負(fù)壓環(huán)境無論何時(shí)都不被破壞，以保證實(shí)驗(yàn)室內(nèi)危險(xiǎn)性微生物不能向外部環(huán)境中擴(kuò)散。同時(shí)，要嚴(yán)格控制（control)送、排風(fēng)的比例以保證各實(shí)驗(yàn)區(qū)的壓力要求。 2.1試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)
該實(shí)驗(yàn)（experiment)區(qū)主要進(jìn)行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應(yīng)混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應(yīng)直接運(yùn)送至該區(qū)，不得經(jīng)過其他區(qū)域。試劑原料(raw material)必須貯存在本區(qū)內(nèi)，并在本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。 對(duì)與氣流壓力的控制（control)，本區(qū)并沒有嚴(yán)格的要求。
標(biāo)本制備區(qū)
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為樣本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴(kuò)增產(chǎn)物 分析(Analyse)區(qū)
試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)
標(biāo)本制備區(qū)
擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)
緩 沖 區(qū)
傳遞（transmission)窗
本區(qū)的壓力梯度要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)檎龎?，以避免從鄰近區(qū)進(jìn)入本區(qū)的氣溶膠污染。凈化實(shí)驗(yàn)室控制系統(tǒng)是整個(gè)潔凈實(shí)驗(yàn)室安全運(yùn)行的神經(jīng)中樞,由于潔凈實(shí)驗(yàn)室-生物安全實(shí)驗(yàn)室的實(shí)驗(yàn)對(duì)象是危險(xiǎn)性的微生物，出于嚴(yán)格控制污染的原則，它要求以最少的維護(hù)人員，運(yùn)用最優(yōu)化的管理維護(hù)手段，來實(shí)時(shí)監(jiān)控每一個(gè)實(shí)驗(yàn)室中設(shè)備所處的物理環(huán)境，保證實(shí)驗(yàn)室運(yùn)行過程中始終處于相對(duì)負(fù)壓環(huán)境，防止危險(xiǎn)性微生物外泄。另外，由于在加樣操作中可能（maybe)會(huì)發(fā)生氣溶膠所致的污染，所以應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動(dòng)。
擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為DNA擴(kuò)增。此外，已制備的DNA模板 (來自樣本制備區(qū))的加入和主反應(yīng)混合液(來自試劑貯存和制備區(qū))制備成反應(yīng)混合液等也可在本區(qū)內(nèi)進(jìn)行。
本區(qū)的壓力梯度要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓，以避免氣溶膠從本區(qū)漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的不必要的走動(dòng)。個(gè)別操作如加樣等應(yīng)在超凈臺(tái)內(nèi)進(jìn)行。
擴(kuò)增產(chǎn)物分析(Analyse)區(qū)
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為擴(kuò)增片段的測定。凈化實(shí)驗(yàn)室必須控制實(shí)驗(yàn)室的潔凈度，對(duì)新風(fēng)進(jìn)行過濾，使實(shí)驗(yàn)室達(dá)到一定的凈化要求。其中排風(fēng)系統(tǒng)是重點(diǎn)，對(duì)于保證實(shí)驗(yàn)室相對(duì)負(fù)壓環(huán)境和有效過濾室內(nèi)污染排風(fēng)起著重要的作用。
本區(qū)是最主要的擴(kuò)增產(chǎn)物污染來源，因此對(duì)本區(qū)的壓力梯度的要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓，以避免擴(kuò)增產(chǎn)物從本區(qū)擴(kuò)散至其它區(qū)域。