1、試劑貯存和準備區(qū)
試劑貯存和準備區(qū)域，主要用于儲存反應試劑、試劑的分裝以及混合反應體系，應包括以下配套設施：4℃冰箱及-20℃冰箱，混勻器、微量加樣器（1μL～1mL)，還要有一次性手套、吸水紙、高壓滅菌后的一次性吸頭和必要的辦公用品，比如記錄本及標記筆。當儲存的試劑經檢驗可以用于診斷鑒定后，應立刻分裝保存，避免多次開啟而造成試劑污染。另外，為了防止有害氣體（比如DNA提取過程產生)對人體造成傷害，有必要安裝通風櫥柜，以保證操作者的人身安全。2、標本制備區(qū)
標本制備區(qū)主要用于臨床標本的保存，核酸（RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應管。需要配備以下主要儀器和物品：4℃冰箱，-20℃冰箱或-80℃冰箱，混勻器、低溫高速離心機，恒溫水浴箱、微量加樣器（1μL～1mL)、生物安全柜、一次性手套、吸水紙、耐高壓處理的離心管和加樣器吸頭和必要的辦公用品。由于標本的特殊性，需要設定保護裝置，防止人員流動帶動氣體流動造成的污染，可以在這個區(qū)域內配備正壓力循環(huán)系統(tǒng)。另外，由于在這個區(qū)域內接觸患者的DNA或者RNA樣本的吸頭、容器較多，處于安全性考慮，需要配備專門的消毒容器，以銷毀剩余的患者樣本。
3、擴增區(qū)
這個區(qū)域的實驗操作，主要集中在DNA樣本或者cD-NA的擴增方面，另外，已經準備好的DNA模板、其它反應體系溶液的配置，也可以在這個區(qū)域內進行。這個區(qū)域需要配備以下實驗用儀器設備和物品，比如PCR擴增儀、微量加樣器（1μL～1mL)、一次性手套、耐高壓處理的離心管和加樣器吸頭（帶濾芯)。
4、擴增產物分析區(qū)
基因診斷擴增的產物需要在這個區(qū)域內進行分析測定，不同的實驗室可能采用不同的樣品檢測分析方法，但基本儀器相同，包括：微量加樣器（1μL～100μL)、一次性手套、吸水紙、高壓滅菌后的一次性吸頭（帶濾芯)以及必要的辦公用品。
根據使用儀器的不同功能，有的區(qū)域也可適當合并。例如使用實時熒光PCR儀，擴增區(qū)、擴增產物分析區(qū)可合并；采用樣本處理、核酸提取及擴增檢測為一體的自動化分析儀時，則標本制備區(qū)、擴增區(qū)、擴增產物分析區(qū)也可合并。
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