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分子生物實驗室設計，應考慮以下原則：對有生物危險性的P3實驗室，要做成負壓，以防止微生物污染的外逸。因此它不僅要求除菌、更要進行隔離處理。隔離方式一般采用一次隔離和二次隔離。一次隔離就是病原體和實驗者之間的隔離，是以防止實驗人員被感染為目的的。主要用生物安全柜和罩式防護衣方式。
為了防止病原體從實驗室漏到外部環(huán)境中，而把實驗室和外界隔斷，即是二次隔離。二次隔離就是實驗室和外界之間的隔離，是以防止實驗室外的人被感染為目的的。
污染傳播的主要途徑是氣溶膠的擴散和對病原體的直接接觸。特別是前者，僅僅靠改善操作方式是不能解決的，一般采取在隔離區(qū)和維持區(qū)之間建立氣壓差和對排風進行滅菌處理兩種方法。
隔離區(qū)（P3實驗室）應維持壓差（負壓）一般為-20～-50Pa，使維持區(qū)到隔離區(qū)造成定向氣流。在氣壓不同區(qū)域之間設有氣閘室，它的兩邊設有聯鎖的門，一邊開時，另一邊關閉，以維持壓差。
整個P3實驗室區(qū)域的室內壓差等級從低到高依次是：P2生物安全柜
2、人流、物流合理，做到不交叉污染，應有實驗室門禁管理制度，僅限于預先被告知危險性、并經過特殊培訓的工作人員及支援人員能夠進出。并貼有警告標志及生物性危險標志。
由于該P3實驗室小，又不經常使用。主要做到人流與物流的分開，污染物品與潔凈物品的分離。即： 2.1人流方向：
入：走廊—更鞋、一次更衣—二次更衣--氣閘室— P3實驗室 出：P3實驗室—氣閘室—淋浴---更衣、更鞋—走廊； 2.2物流方向：
潔凈物品或不能進行滅菌物品從雙面互鎖結構傳遞窗入P3實驗室；需滅菌物品從雙門傳遞滅菌器，或密封后經傳遞窗入，再經高壓滅菌器滅菌后進入P3實驗室；在傳遞窗下方設消毒渡槽，對某些不能高壓滅菌物品可通過盛有消毒液的藥液傳遞窗傳遞，使容器外側受到滅菌處理。污染物品、實驗后器械應置于耐用、防漏密閉的容器中，經高壓滅菌后才可廢棄。實驗人員淋浴后一次性衣物，應裝入密閉膠袋后，經傳遞窗到滅菌器中處理后廢棄。
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